Natura 2000, unijna sieć obszarów chronionych, obejmuje 29,5% terytorium pozostającego pod kontrolą Republiki Cypryjskiej: 69 obszarów lądowych i morskich. Ponadto Departament Leśnictwa zarządza 11 narodowymi parkami leśnymi, od parku Paidagogiki Akadimia w Nikozji (1983) po Akamas (2016), a słone jezioro w Larnace jest od 2001 roku jedynym mokradłem Republiki na liście Ramsar, czyli w wykazie obszarów wodno-błotnych o znaczeniu międzynarodowym. Departament Środowiska realizuje także LIFE-IP PHYSIS, unijny projekt LIFE o wartości około 17 mln euro, prowadzony od 2019 do 2029 roku i służący zarządzaniu tą siecią.

Największym parkiem leśnym po Troodos jest Akamas, utworzony 17 czerwca 2016 roku na 7 662 hektarach północno-zachodniego półwyspu. Departament Leśnictwa odnotował tam około 650 rodzimych gatunków roślin, w tym 43 endemity cypryjskie, a dwa z nich, chaber Centaurea akamantis i tulipan Tulipa akamasica, nie rosną nigdzie indziej na wyspie. W 2026 roku park otrzymał 16 strażników, którzy pełnią służbę od 11 maja, oraz zmieniony plan, który proponuje utworzenie rezerwatu przyrody o powierzchni 741 hektarów, czyli 12,7% lasu, gdzie zakazana byłaby wszelka działalność człowieka, łącznie z polowaniami; plan ma trafić pod obrady Rady Ministrów w ostatnim kwartale 2026 roku.

Chaber Centaurea akamantis przetrwał w trzech sąsiednich wąwozach, gdzie spis z 2013 roku wykazał około 800 roślin, a jego największe stanowisko, w wąwozie Avakas, jest od 2013 roku mikrorezerwatem roślinnym. Sam szlak przez wąwóz Avakas Departament Leśnictwa zamknął 6 grudnia 2025 roku z powodu wezbrań wody, śliskiego podłoża i ryzyka obrywów skalnych, a daty jego ponownego otwarcia nie wyznaczono. W marcu 2026 roku straż pożarna uratowała 31 turystów pieszych, których uwięziła tam wzbierająca woda, a 14 października 2026 roku policja wydostała z wąwozu kolejnych sześciu turystów, dlatego nie należy przechodzić za łańcuch przy wejściu. Drogi leśne z Avakas do Agia Matrona i do Lipati również zostały zamknięte 27 stycznia 2026 roku do odwołania.

Na zachodnim wybrzeżu żółwie zielone i żółwie karetta gniazdują przede wszystkim na plażach Lara i Toxeftra. Około 10 km tego wybrzeża wraz z wodami do głębokości 20 m ogłoszono w 1989 roku obszarem chronionym na mocy ustawy o rybołówstwie. Zarządza nim Departament Rybołówstwa i Badań Morskich, którego program ochrony żółwi, zapoczątkowany w Larze w 1978 roku, był pierwszym takim programem w basenie Morza Śródziemnego; od 2022 roku departament prowadzi go wspólnie z organizacją pozarządową MedTRACS. W czerwcu 2026 roku po raz pierwszy założono nadajniki satelitarne dwóm samicom składającym jaja w zatoce Lara. Od 1 czerwca do 30 września zakazane są parasole, leżaki i namioty, a od godziny przed zachodem słońca nikt nie może przebywać na plaży. Przez cały rok obowiązuje zakaz wjazdu pojazdów na plaże i rozpalania ognisk, a od 1 maja do 31 października łodzie nie mogą wpływać na chroniony akwen.

Na wschód od półwyspu Akamas, w Lesie Pafos, żyje muflon cypryjski, dzika owca wyspy: według Służby Łowiectwa i Fauny jest ich dziś ponad 3 000, podczas gdy w latach 1930. było ich zaledwie kilkadziesiąt. Cały las ogłoszono w 1939 roku ostoją zwierzyny, po zaostrzeniu prawa łowieckiego w 1938 roku. 9 marca 2026 roku Departament Leśnictwa zapobiegawczo zamknął zagrody muflonów w Stavros tis Psokas i w Platanii z powodu zagrożenia pryszczycą; nie znaleźliśmy żadnego komunikatu o ich ponownym otwarciu, dlatego przed wyprawą warto to sprawdzić w departamencie.

Na drugim krańcu wyspy, na wschód od Ajia Napy, leży Narodowy Park Leśny Przylądka Greko, utworzony 18 lutego 1993 roku. Zajmuje 384,9 hektara i rośnie w nim około 400 gatunków roślin, w tym 14 endemicznych. Mapa szlaków pieszych Visit Cyprus na 2026 rok wymienia cztery łatwe szlaki w parku, w tym 2-kilometrowy szlak Afrodyty, który biegnie od parkingu przy centrum dla zwiedzających obok skalnego łuku Kamara tou Koraka, oraz 4-kilometrową trasę od jaskiń morskich do kaplicy Agioi Anargyroi. Wstęp do Centrum Informacji i Edukacji Ekologicznej kosztuje 2 €, a dla dzieci w wieku od 6 do 12 lat 1 €; centrum jest otwarte od maja do października codziennie od 10:00 do 18:30, a zimą w dni powszednie od 10:00 do 14:30. W maju 2026 roku Departament Leśnictwa postawił przy jaskiniach morskich tymczasowe ogrodzenie, aby powstrzymać skoki do wody z klifów, a od 1 listopada do 30 kwietnia łodzie nie mogą wpływać do strefy ścisłej ochrony morskiego obszaru chronionego przy jaskiniach morskich Ajia Napy, gdzie żyją foki mniszki.

To właśnie na słonych jeziorach zimują flamingi. Słone jezioro w Larnace jest chronione od 1997 roku, a według Służby Łowiectwa i Fauny w przeciętnym roku na głównych mokradłach wyspy zimuje od 5 000 do 10 000 flamingów, choć od 2013 roku ich liczba zmalała o 14 do 31%; od jeziora do akweduktu Kamares prowadzi 4-kilometrowa ścieżka przyrodnicza. Większe słone jezioro Akrotiri leży w brytyjskiej strefie suwerennych baz i od 20 marca 2003 roku jest obszarem Ramsar, a mimo to w styczniu 2025 roku naliczono tam zaledwie 30 flamingów, najmniej od początku liczeń w 1992 roku. Organizacja BirdLife Cyprus, która od 1983 roku uczestniczy w międzynarodowym styczniowym liczeniu ptaków wodnych, wymienia trzy gatunki ptaków gniazdujące na Cyprze i nigdzie indziej: białorzytkę cypryjską, pokrzewkę cypryjską i syczka cypryjskiego.

W każdym lesie państwowym obowiązuje kilka zasad. Rozpalanie ognia jest zabronione na całym terenie lasu państwowego i w promieniu 2 km od jego granicy, z wyjątkiem wyznaczonych miejsc na terenach piknikowych i kempingowych, a dym lub płomienie należy zgłaszać pod bezpłatnym numerem 1407. Na wszystkich ścieżkach przyrodniczych obowiązuje zakaz jazdy rowerem i motocyklem; wycinanie roślin, zabieranie kamieni i niepokojenie dzikich zwierząt są niezgodne z prawem leśnym, a na biwakowanie potrzebne jest zezwolenie Departamentu Leśnictwa. Loty dronów w strefach ograniczonych wymagają zgody, a słone jezioro w Larnace leży w jednej ze stref ograniczonych wokół lotniska. Jeśli w grę wchodzi przeprowadzka na Cypr, praktyczną stroną zajmie się nasza pomoc w relokacji.